Assim como qualquer software, ter a versão estável mais recente é essencial para previnir bugs e vulnerabilidades. O dokuwiki ao logar como administrador exibe uma mensagem ENORME que existem atualizações para serem feitas, que é para o sr(a) não esquecer de atualizar. Eu gosto de usar sempre a versão estável mas sinta-se a vontade de usar uma versão teste.

Importante tambem voce ler o Changelog para ver as mudanças de uma versão para outra. Já tive problemas de não ler o changelog e ter sido implementado um novo diretório o qual não estava conseguindo acessar devido permissões.

Baixe a versão mais recente estável em: https://download.dokuwiki.org/src/dokuwiki/dokuwiki-stable.tgz

Descompacte no local aonde está a sua wiki:

tar xvzf dokuwiki-stable.tgz -C /caminho/da/wiki/

Possivelmente você ira ter problemas de permissões e owner. Vamos arrumar isso.

cd /caminho/da/wiki/
chown -R www-data:www-data *
chmod 747 data/ lib/ conf/